1952年8月，華東軍政委員會教育部制定《華東區(qū)高等學校院系調整方案》（草案）。方案規(guī)定：南通學院農科獨立改設蘇北農學院，遷至揚州；紡織科紡織、染化二系調整至華東紡織工學院；醫(yī)科獨立改設蘇北醫(yī)學院，設于南通學院原址。

公立蘇北醫(yī)學院于1956年更名為“南通醫(yī)學院”，1957年更名為“蘇州醫(yī)學院南通分部”，1958年恢復“南通醫(yī)學院”校名。